Pada tahun 2005 ia pindah ke kelas setara IDM, dimana ia berkompetisi hingga akhir tahun 2006. Juga pada tahun 2006, Aegerter dipanggil oleh Multimedia Racing untuk berlaga di Kejuaraan Dunia 125cc. Aegerter membuat debut kejuaraan dunianya di GP Portugal menggantikan sesama pebalap Swiss Vincent Braillard. Dia tetap bersama tim selama sisa musim.
Aegerter melanjutkan dengan Multimedia Racing untuk musim balap motor Grand Prix 2007 dan masih memiliki rekan setim Italia Raffaele De Rosa dan Simone Grotzkyj. Dia memiliki awal yang sangat lambat hanya berhasil mencetak kembali ke posisi 15 di Grand Prix sepeda motor Catalan 2007 dan di TT Belanda 2007, dan kemudian di Grand Prix sepeda motor Jepang 2007 yang basah di tempat ke-11. Pencetakan poin kejuaraan ini hanya berhasil dia selesaikan di tempat ke-23 dengan 7 poin.
Untuk musim balap motor Grand Prix 2008 , ia ditawari bersama pembalap Prancis Mike Di Meglio oleh Ajo Motorsport untuk mengendarainya. Mereka berdua menerimanya, sementara Di Meglio memiliki pabrik penuh Derbi RSA 125, ia hanya menggunakan Derbi RS 125 standar membuatnya menjadi satu-satunya pengendara Derbi yang menggunakan sepeda Derbi standar.
Namun, hasil meningkat, saat ia finis di urutan ke-16 secara keseluruhan, memuncak dengan tiga tempat ke-8 – di depan di Meglio di Spanyol, dan di San Marino dan Malaysia. Untuk 2009 , Aegerter tetap bersama tim bersama Sandro Cortese . Kedua pembalap menggunakan pabrik Derbi RSA 125, memberikan harapan Aegeter untuk tahun yang lebih kuat dari tahun 2008. Tempat keenam di basah di Le Mans adalah puncak dari paruh pertama musim.
Kejuaraan Dunia Moto2 - Pada Grand Prix Jerman 2014 , Aegerter meraih pole position dan kemenangan pertamanya di Grand Prix dalam ke-129 dalam menangkis kemajuan Mika Kallio di tahap penutupan. Kejuaraan Dunia Supersport Dia berkompetisi di Kejuaraan Dunia Supersport 2021 bersama tim Ten Kate Racing Yamaha.