Dia pertama kali bermain rugby sebagai seorang anak, untuk sekolah dasar dan sekolah menengahnya. Saat bermain untuk Otahuhu College 1st XV-lah Waka menjadi terkenal, bersama dengan teman lamanya Mack Herewini , ketika mereka memainkan pertandingan yang luar biasa melawan Seddon Tech selama pembukaan tirai pertandingan Springboks versus All Blacks Test 1956 di Eden Taman. Tahun berikutnya Otahuhu College memenangkan kompetisi Auckland Schoolboys. Nathan melanjutkan bermain untuk Klub Rugbi Otahuhu .
Dia bermain sebagai perwakilan Auckland Rugby Union , melakukan debutnya pada usia 19 tahun. Dia membuat 88 penampilan dan mencetak 51 poin. Dia dikenang dengan baik karena mencetak percobaan menit terakhir melawan Canterbury untuk mengatur rekan setimnya Mike Cormack untuk mengubah percobaan dan mempertahankan Ranfurly Shield dalam permainan yang berakhir 19-18 pada tahun 1960. Piala klub pra-musim Auckland Rugby Union adalah dinamai untuk menghormati Nathan.
Waka memulai debutnya untuk Māori Selandia Baru pada tahun yang sama tampil untuk tim hingga 1966. Dia pertama kali bermain untuk Māori Selandia Baru dan kemudian All Blacks dari 1962 hingga 1967, sebagai memisahkan diri. Selama karirnya di All Blacks, dia melakukan tur ke Australia, Kepulauan Inggris dan Prancis. Meski mengalami patah rahang, ia mencetak 11 percobaan dalam 15 pertandingan di tur itu.
Cedera membuat pemain sayap kelas dunia itu harus memainkan 14 tes untuk All Blacks dengan 14 kemenangan dengan seragam hitam, menyelesaikan karir tesnya tanpa terkalahkan dengan 23 percobaan. Almarhum Sir Colin Meads menggambarkan Waka sebagai "pelari paling jantan dengan bola di tangan". Setelah pensiun dari bermain, ia telah menjadi pemilih dan manajer Māori Selandia Baru antara 1971-77 dan mengelola Māori Selandia Baru dalam tur mereka di Wales pada tahun 1982. Waka diberi kehormatan dari Rugby Selandia Baru untuk berlari ke lapangan dan memulai proses untuk Piala Dunia Rugbi perdana pada tahun 1987.
Anggota Otahuhu Life terpilih sebagai Presiden Auckland Rugby Union pada tahun 2003 kemudian pindah ke Patron of the Auckland Rugby Board. Waka dihormati oleh Auckland Rugby atas komitmen dan pengabdiannya kepada serikat pekerja sebagai pemain dan administrator dengan terciptanya Waka Nathan Challenge Cup yang diperebutkan oleh tim klub utama Rugby Auckland.