Arhan memulai debutnya untuk tim Indonesia U-19 saat menghadapi Bulgaria U-19 dalam pertandingan persahabatan pada 5 September 2020 di Kroasia. Dia menjadi kapten tim yang sama saat pertandingan persahabatan lainnya dalam pelatihan Kroasia selama dua bulan, kali ini Indonesia bermain imbang dengan tim U-19 Makedonia Utara. Ia menerima panggilan untuk bergabung dengan tim nasional sepak bola senior Indonesia pada Mei 2021. Ia mendapatkan Penampilan senior pertamanya dalam pertandingan persahabatan 25 Mei 2021 di Dubai melawan Afghanistan.
Nama Pratama Arhan bersinar saat timnas Indonesia menghancurkan Malaysia dalam matchday terakhir Grup B Piala AFF 2020. Bek sayap milik PSIS itu memiliki andil besar dalam kemenangan besar Skuad Garuda. Timnas Indonesia mengalahkan Malaysia dengan skor telak 4-1 dalam matchday terakhir Grup B Piala AFF 2020 di Stadion Nasional Singapura, Minggu (19/12/2021). Kemenangan itu membawa tim Merah Putih melaju ke semifinal.Pada prosesnya, Pratama Arhan yang beroperasi di sisi kiri pertahanan timnas Indonesia, tampil begitu luar biasa. Dia berperan dalam gol kedua Skuad Garuda, sebelum mencatatkan namanya sendiri pada menit ke-50 untuk membawa Indonesia unggul 3-1. Gol yang dicetak Pratama Arhan cukup spektakuler.
Setalah mendapatkan umpan dari Irfan Jaya di sisi kiri, pemain berusia 20 tahun itu menggiring bola beberapa langkah sebelum melepaskan tembakan keras dari luar kotak penalti yang tak mampu dihalau kiper Timnas Malaysia Gol Arhan Pratama menjadi buah bibir di media sosial. PSIS Semarang selaku pemilik sang pemain juga tak ketinggalan memberi pujian. Bahkan saking bagusnya gol Pratama Arhan, PSIS semarang sampai menyamakan sang pemain dengan bek kanan andalan Liverpool, Trent Alexander-Arnold Kebetulan, Arnold juga belum lama ini menoerhkan gol spektakuler yang prosesnya mirip-mirip dengan gol Pratama Arhan saat Liverpool menggulung Newcastle 3-1.