
Pada tahun 2002-2003 dia pernah bermain di klub sepak bola Feyenoord, Rotterdam, Belanda, sebagai pemain yunior dari klub itu. Sebagai atlet sepak bola profesional, dia pernah bermain di FC Dordrecht pada tahun 2004–2005, lalu pada tahun 2005–2009 pindah ke SC Feyenoord AV. Sepanjang tahun 2009–2010 dia bermain di Beijing Institute of Technology FC, China, sebelum pindah ke klub sepak bola dari Bali, Bali De Vata FC sepanjang tahun 2011–2012.
Raphael Maitimo masuk dalam skuat Indonesia pada Piala Suzuki AFF 2012 di bawah asuhan pelatih Nil Maizar. Sempat terjadi kegusaran karena belum siapnya dokumen naturalisasi dirinya disaat-saat terakhir sebelum pertandingan pertama melawan Laos pada turnamen itu. Namun tepat sehari sebelum pertandingan akhirnya semua dokumen yang dinanti itu-pun selesai, sehingga Raphael-pun bisa memperkuat Timnas Indonesia pada laga pertama tersebut dan bahkan dia mencetak 1 gol pada pertandingan itu.